第135章 黎明前的测序（2/2）
“加入等体积的异丙醇，陈浩，递冰盒。”
样本在冰上静置了10分钟后，再次放入冷冻离心机。
12000转，10分钟。
再次取出时，管底出现了一点点半透明胶状沉淀。
“rna沉淀出来了。”程溪瑶隔著护目镜，眼睛亮了起来。
江河：“弃上清，加1毫升75%的冰乙醇洗涤沉淀。”
轻轻悬浮沉淀后，第三次离心。
7500转，5分钟。
最后，用移液枪极其小心地吸走所有的乙醇液体，將离心管敞口放置在超净台的通风处。
“风乾5分钟，不能干透，否则很难溶解。”
五分钟后，江河加入20微升rnase-free的水，轻轻吹打。
“去测浓度。”江河把样本递给陆晓林。
陆晓林拿著样本走到nanodrop分光光度计前，取了一微升滴在检测基座上，放下悬臂。
电脑屏幕上立刻跳出一条曲线。
“浓度120ng\/μl，a260\/280比值2.02。”陆晓林声音迅速，“师弟，提取极其完美！纯度极高，没有蛋白和苯酚污染！”
陈浩几个人长长地鬆了一口气，互相对视了一眼。
做到了！
江河毫不犹豫，道：“立刻进行逆转录，rna极易降解，必须马上把它变成稳定的a。”
“引物用什么”陆晓林问。
“用隨机六聚体引物（randohexars）做全转录本的逆转录。”
江河走到冰箱前，拿出逆转录试剂盒：“不需要特异性引物，我们在pcr阶段再用甲流通用的ha（血凝素）和na（神经氨酸酶）保守区引物去钓出目標片段。”
看著手里的试剂，江河眼神微动。
其实，如果这真的是一种完全未知的全新病毒，今晚的这几个小时根本连门槛都摸不到。
光是引物设计就能卡死全中国最顶尖的实验室两周时间。
但他不一样。
他记得h1n1的基因图谱，也知道它的外膜蛋白弱点，包括它最容易被哪种引物扩增。
基本就等同於，拿著標准答案，反向推导解题步骤。
所以效率才能这么高。
逆转录反应体系配製完毕。
放入pcr仪。
42c孵育60分钟，70c加热5分钟灭活逆转录酶。
凌晨5:30。
逆转录完成。
极其脆弱的rna终於变成了相对稳定的dna。
“准备pcr扩增反应。”
“我们要分別扩增它的ha基因、na基因、基因以及pb1基因片段。”
pcr反应板在江河等人的熟练操作下加样完毕。
放入实时萤光定量pcr仪。
设置热循环程序：95c预变性5分钟，然后进行40个循环的95c变性15秒、60c退火延伸1分钟。
“大概需要一个半小时。”
江河脱下最外层的乳胶手套，看了一眼掛钟。
实验室里的六个学生已经疲惫不堪。
江河走到走廊上，翻出林振华厅长秘书的电话，拨了过去。
电话响了七八声才通。
“王秘书，我是江河，抱歉打扰您休息。”
“嗯……没关係，怎么了”
“王秘书，我需要您立刻向林厅长匯报，附一院收治了一名墨西哥外商，目前已確认为极高危的不明原因重型肺炎，並且，省人民医院和市八医院在昨晚分別收治了与他有明確密切接触和环境接触的两名重症患者，我判断，这是一起典型的具有极强人传人能力的烈性呼吸道传染病。”
“”
躺床上的王秘书翻身而起，直接被嚇出冷汗。
“你確定地方疾控有上报吗”
“疾控走流程太慢，我目前正在附一院孙长明教授的实验室里跑它的基因测序，现在，我希望省厅立刻动用行政力量，去寻找一辆计程车，司机姓林，三天前搭载过这名墨西哥外商，现在处於失联状態，他极有可能已经发病，如果他在城市里继续活动，后果不堪设想。”
“江河，你目前有確凿的实验室证据吗”
“证据马上出来，但那个司机，多在外面待一分钟，就会多传染十个人，王秘书，人命关天。”
电话那头沉默了几秒。
“我知道了，我立刻向林厅长匯报，你那边一旦有实验室结果，第一时间通知我！”
江河看著手机，微微鬆了一口气。
——还好有厅长的联繫方式！
早上7:15。
pcr仪扩增结束。
“跑个琼脂糖凝胶电泳看看有没有条带！”陆晓林立刻將pcr產物取出来。
十五分钟后，电泳结果在紫外凝胶成像仪下显现。
屏幕上，在对应扩增片段大小的位置，出现了极其明亮的特异性条带。
没有引物二聚体，没有非特异性扩增。
“漂亮！”陈浩忍不住挥了一下拳头。
江河：“准备测序反应，用纯化柱回收pcr產物，加入bigdye测序试剂，进行测序pcr。”
又是一轮精密操作。
上午10:00。
阳光已经彻底照亮了羊城的天空。
孙长明的实验室里，所有人围在abi3130xl基因分析仪的电脑屏幕前。
测序的毛细管电泳正在进行最后的信號读取。
屏幕上开始逐一出现不同顏色的萤光峰。
红色、绿色、蓝色、黑色，分別代表著a、t、c、g四种碱基。
“出峰了，基线很平，峰型极其尖锐，测序质量极高。”程溪瑶紧盯著屏幕，眼睛一眨不眨。
隨著测序仪的运行，一长串的碱基序列被读取出来，生成了fasta格式的文本文件。
“导出序列数据，陈浩，打开电脑里的bst比对软体。”
陈浩立刻將生成的ha、na、三个基因片段的序列文件导入本地构建好的流感病毒资料库中进行相似度比对。
进度条快速拉满。
比对结果弹了出来。
陈浩看著屏幕上的英文和数据，愣住了。
“老江……这……这不对啊，这资料库是不是坏了”
“怎么了”
“它的ha基因片段，比对出来最相似的是……北美古典猪流感病毒它的na和片段，比对出来是欧亚类禽猪流感病毒然后……它的pb1基因怎么又和人类季节性h3n2流感病毒高度同源”
陆晓林摇头：“这不可能，猪的病毒、禽类的病毒、人类的病毒……怎么会全部拼凑在同一个病毒株里我们做错了。”
大家都有些失望。
只有江河，长长地吐出了一口浊气。
——成了。
至於为什么
原因很简单。
当猪同时感染了禽流感、人流感和猪流感病毒时，它的呼吸道上皮细胞就像是一个天然的混合器。
不同的病毒在这里发生了基因重排，最终诞生了这个集三家之长、对人类有著致命威胁的全新变异体——
甲型h1n1流感病毒。
江河轻声道：“资料库没坏，这是一种前所未见的四重重配新型流感病毒，人类的免疫系统对它完全陌生。”
实验室里，一片死寂。
六个学生呆呆地看著屏幕。
——江河的意思是说，他们刚才，亲手发现了一个新的病毒
就在这时，江河的手机震动起来。
来电显示：郑立言。
江河接起电话。
“江河，早。”
“郑院士，早上好。”
江河简单阐述了一遍前因后果之后，道：
“……我刚刚跑完测序，结果出来了，北美古典猪流感、欧亚猪流感和人流感的基因片段，在这个病毒体內发生了重排，这是一种四重重配的新型变异株，常规的抗原快筛只能测出甲流阳性，完美掩盖了它的真实身份。”
电话那头的郑立言瞬间没了声音。
当年1918年的西班牙大流感，1957年的亚洲流感，1968年的香港流感……
全都是因为基因重排导致的抗原转变！
而每一次，都带走了数以万计的生命。
郑立言：“你確定测序结果无误”
江河说：“我立刻把fasta序列文件和bst比对结果发到您的邮箱。”
“好，如果数据属实，我亲自向卫生部匯报。”
信息对接完毕。
江河放下手机，转头看向身后的六个学生。
他们熬了一整夜，但每个人都毫无困意。
因为大家都意识到了，自己正在参与拯救一座城市的计划……
这不是救一个人两个人那么简单。
“陈浩，把测序报告列印出来，我们走。”
“去哪”
“医务科。”